AFNI/FSLの日常使用命令

想来整理下常用的AFNI和FSL软件的命令，从而满足一些常用的MRI图像处理操作

AFNI类

目的	命令	参数项	更多
制作Mask文件	3dAutomask	-prefix	See more
去颅骨，剥脑	3dSkullStrip	-prefix、-push_to_edge	See more
查看文件信息	3dinfo	\	See more
转换格式	3dAFNItoNIFTI	-prefix（其他命令在使用该选项时指明类型可以减少此步骤）	See more
重采样	3dresample	-dxyz、-master	See more
影像数据计算	3dcalc	制作mask（’ispositive(a-0.5)‘）	See more
提取提素值	3dmaskdump	\	See more
截取Volume	3dTcat	demo.nii[3..$]	See more
更改头文件信息	3drefit	-space、-relabel_all	See more

AFNI命令中如何使用shell变量
- 使用双引号即可，举个栗子，在3dcalc命令中，3dcalc -a "${id}" ....
- 了解更多

目的	命令	参数项	更多
数值、逻辑计算	fslmaths	-bin、-thr	See more

foo(){
cd ${data_path}/${i}
}
for i in ${type[@]}; do foo "$i" & done

$\cdots$ end $\cdots$